水电站清污机工作原理是：清污机的起升机构带动耙斗进行升降，通过液压系统操作液压缸推动耙斗进行开闭。清污时耙斗的转耙张开并沿耙斗导轨及拦污栅栅条下降，当清污耙斗到达拦污栅底部后，液压系统工作使耙斗的转耙闭合后，可抓取铲齿铲下的污物，耙斗提升至坝面，进入到翻板上的卡道内，使耙斗与翻板锁定，转动翻板到卸污工位(集污斗上方)，耙斗张开，使污物直接卸到集污斗里，等集污斗污物装满后，将污物直接卸到5 t自卸车上。

起升出现过载时，过载保护机构会发出过载信号，电机停止起升，以防止拉坏清污机或拦污栅的构件。下降过程中如出现卡阻使钢丝绳松弛时，松绳保护机构可使电机停止下降，以防出现钢丝绳乱绳。该机还设有数字式深度指示仪，操作人员可在司机室内方便地观察到耙斗的位置，以便操作耙斗进行清污作业。清污机为全跨清污，一次可清除一孔拦污栅宽度。