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风机数量大，故障机率大。且因FFU布置在吊顶上，维修有一定困难。而集中风系统因设备较为集中，数量也少，易于维护。但这也不完全是缺点：FFU系统正是因为数量众多而分散，通常少量的FFU出现故障，并不能对洁净度造成严重的破坏。甚至可以在对洁净度几乎没有影响的情况下发现并修复故障单元。而集中送风系统只要一台AHU出现故障，就会造成大面积的洁净室停止运行，对生产的影响很大。在几乎所有的项目中，冷冻机、空压机、纯水设备、水泵、真空泵抢救无效都可以做到备份，尽量减少设备故障对生活的影响。唯独空调箱的备份几乎没用。FFU系统则在某种程度上达到了这个目的。
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