当今使用的巴氏灭菌程序种类繁多。“低温长时间”(LTLT)处理是一个间歇过程，如今只被小型乳品厂用来生产一些奶酪制品。“高温短时间”(HTST)处理是一个“流动”过程，通常在板式热交换器中进行，如今被广泛应用于饮用牛奶的生产。通过该方式获得的产品不是无菌的，即仍含有微生物，且在储存和处理的过程中需要冷藏。“快速巴氏灭菌”主要应用于生产酸奶乳制品。

国际上通用的巴氏高温灭菌法主要有两种：

一种是将牛奶加热到62~65℃，保持30分钟。采用这一方法，可消灭牛奶中各种生长型致病菌，灭菌效率可达97.3%~99.9%，经灭菌后残留的只是部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些细菌多数是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有益健康。

第二种方法将牛奶加热到75~90℃，保温15~16秒，其灭菌时间更短，工作效率更高。但灭菌的基本原则是，能将病原菌消灭即可，温度太高反而会有较多的营养损失。

要为牛奶的一种灭菌法，既可消灭对健康有害的病原菌又可使乳质尽量少发生变化。也就是根据对耐高温性极强的结核菌热致死曲线和乳质中最易受热影响的奶油分离性热破坏曲线的差异原理，在低温下长时间或高温下短时间进行加热处理的一种方法。其中，在60℃以下加热30分钟的方式，作为低温灭菌的标准，早为世界广泛采用。利用高温处理，虽对乳质多少有些影响，但可增强灭菌效果，这种方法称为高温灭菌（sterilization），也就是在95℃以上加热20分钟。巴氏灭菌法除牛奶之外，也可应用于发酵产品。