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可是即使经过这样的分析过程，仍然可能出现错误判断的情况。不同工厂所用到的原材料种类繁多，实验室不可能针对每种材料采用不同的分离条件去分析，而且由于质谱级别色谱柱型号数量的限制，通常情况下实验室多采用同一根色谱柱进行分离，这样不可避免地会对某些物质分离不完全或不能分离，从而造成谱图解析的错误。譬如在HP-5ms色谱柱上，对二甲苯和间二甲苯的保留时间完全相同，即使有质谱做工具也无法辨认。而对于受到干扰不能完全分离的物质，必然会造成匹配度的降低，容易造成误判。
